Después de presenciar la muerte de su madre a una edad temprana, Uryuu Kamihate creció desilusionado con los dioses, descartando la fe en ellos como una tontería absoluta. Debido a sus creencias, su objetivo es convertirse en médico, pasando la mayor parte de su tiempo estudiando para ingresar a la prestigiosa Universidad de Kyoto.
Para continuar sus estudios, Uryuu busca un nuevo lugar para llevarlo y alejarse del ruidoso entorno del orfanato donde creció. Chidori Amagami, sacerdote principal del santuario Amagami, le permite quedarse en la residencia de Amagami. Sin embargo, Uryuu tiene que vivir allí con las tres nietas de Chidori, Alae, Yuna y Asahi, que sirven como doncellas santuario. Además, Chidori tiene otra condición para Uryuu: tiene que casarse con una de las hermanas para garantizar el futuro del santuario y algún día heredarlo. Pero con los objetivos y la perspectiva de Uryuu chocando naturalmente contra las creencias de las hermanas, esta prueba ya desalentadora parece imposible.