Un día, cuando Remu Mikage está en una videollamada con su hermana, Shiki, quien ha viajado a la futurista Okinotori-Island Mega Float City para la escuela, ella confiesa que tanto el audio como las imágenes de ella son completamente artificiales. Para ser más eficiente en sus estudios, Shiki ha utilizado nanomáquinas vinculadas a neuronales para subir su conciencia a una computadora y almacena su cuerpo físico en una «piscina corporal». Mientras está conmocionado, Remu apoya la decisión de su hermana, hasta que ocurre el desastre conocido como el «éxtasis temprano».
El éxtasis temprano hace que todos los que han subido sus conciencias caen en coma o perecen. Remu visita el apartamento vacío de su hermana por última vez, pero se sorprende cuando Shiki llega a la puerta. Sin recordar su familia o pasado, y ser perseguido por un grupo violento de investigadores, Shiki y su hermano se ven obligados a huir de usar su nuevo poder de manipulación de nanomachina.