La historia de Fortune Arterial gira en torno al protagonista masculino Kohei Hasekura, quien se traslada a una prestigiosa escuela pública al estilo de una escuela inglesa de seis años que abarca estudiantes de secundaria y preparatoria. La escuela está en una isla llamada Isla Tamatsu, frente a la costa de Japón continental, y la única forma de llegar es en barco. Poco después de transferirse, descubre que uno de los estudiantes de la clase de al lado, Sendo Erika, es en realidad un tipo de vampiro.