Después de una batalla desesperada y muchas pérdidas, los humanos finalmente matan a Godzilla, el monstruo que hizo que la humanidad huyera de la Tierra 20 mil años antes. Pero la criatura que mataron las tropas de Haruo Sakaki no estaba sola; Existía otro Godzilla en la Tierra aún por ser derrotado. Gravemente herido por el primer conflicto, Sakaki se despierta en la casa de una joven miembro de la tribu Houtua. Con un sorprendente parecido con los humanos, los Houtua se han adaptado para sobrevivir al cambio climático del planeta que había estado abandonado durante mucho tiempo.
Con la mayoría de sus recursos agotados, los miembros restantes de las fuerzas especiales de Sasaki luchan con la decisión de abandonar su misión y su planeta de origen o librar una batalla improbable. Sin embargo, la esperanza no se pierde por completo, ya que los miembros de la raza alienígena Bilusaludo descubren restos de su arma anti-Godzilla, Mechagodzilla. Incluso con esta poderosa arma en su arsenal, la victoria parece imposible de alcanzar: Godzilla ha pasado todo este tiempo evolucionando y preparándose para derrotar a cualquiera que se atreva a desafiar su superioridad.