Con la derrota de la ciudad nanometálica de Bilusaludo, la destrucción de la humanidad parece inevitable. Peor aún, la negativa del capitán Haruo Sakaki a sacrificar su humanidad ha sido criticada por las tropas restantes de Bilusaludo, que lo culpan por su derrota. En su momento más oscuro, los pocos humanos supervivientes recurren a la religión de los Exifs, que promete que la devoción es el camino hacia la salvación de Godzilla.
Sin embargo, los Exif no son lo que parecen. A medida que los supervivientes se vuelven cada vez más celosos en su devoción, Sasaki se pregunta qué esconde exactamente el sacerdote Metphies, especialmente en lo que respecta a su relación con el monstruo conocido como Ghidorah.