Cuando la amenaza de los Ángeles aumenta, las fuerzas de defensa de la humanidad son llevadas al límite, con NERV al frente de la lucha. Shinji Ikari y su compañera Rei Ayanami cuentan con la ayuda de dos nuevos pilotos: la fogosa Asuka Langley Shikinami y la misteriosa Mari Illustrious Makinami.
Con la ayuda de sus unidades mecanizadas de Evangelion, equipadas con armas perfectas para enfrentarse a sus monstruosos oponentes, las cuatro almas jóvenes luchan desesperadamente para proteger a sus seres queridos y evitar un apocalipsis inminente. Pero cuando secretos sorprendentes salen a la luz, ¿el mayor desafío para los héroes serán los monstruos… o la humanidad misma?