Catorce años después del Tercer Impacto, la Tierra es un páramo post-apocalíptico, la civilización humana está en ruinas y las personas que Shinji Ikari conoce son casi irreconocibles. Atrapado dentro de la Unidad-01 de Evangelion, Asuka Langley Shikinami y Mari Illustrious Makinami lo recuperan del espacio, solo para encontrarse prisionero de WILLE, una facción militar liderada por su antiguo guardián Misato Katsuragi. Fríos y amargados, sus antiguos aliados lo ven con sospecha y se niegan a apoyarlo mientras acepta las consecuencias de sus acciones.
Un Shinji herido y confundido es rescatado de WILLE por Rei Ayanami y devuelto a la sede de NERV. Allí conoce y rápidamente se hace amigo del enigmático Kaworu Nagisa, quien le ofrece calidez y conocimiento del estado de la guerra de NERV contra los Ángeles. Pero el breve respiro de Shinji y Kaworu se produce en vísperas de una nueva batalla, en la que Shinji descubre que sus enemigos ya no son ángeles sino antiguos camaradas. En esta amarga confrontación para determinar el futuro del mundo, Shinji aprenderá de primera mano que el pasado realmente no se puede deshacer.