Décadas en el futuro, la humanidad está asediada por una raza alienígena conocida como Novas. Estos seres inhumanos dejan devastación a su paso cada vez que aparecen, y los esfuerzos por evitarlos se conocen como Nova Clashes. A las mujeres jóvenes conocidas como «Pandoras» y a los hombres jóvenes conocidos como «Limiters» se les implantan estigmas para darles poderes sobrehumanos y se les entrena en academias militares, donde deben aprender a trabajar juntos si la humanidad quiere tener una oportunidad de sobrevivir.
Freezing cuenta la historia de Kazuya Aoi mientras se dirige a su primer día en la academia militar de West Genetics, justo cuando los Pandora están emprendiendo una batalla real. Es aquí donde confunde a Satellizer el Bridget, una poderosa Pandora conocida como la «Reina Intocable», con su hermana fallecida y la abraza. Aunque él le cuesta el partido, ella descubre que su toque no la ahuyenta y decide tomarlo como su limitador. La única pregunta es si su asociación podrá sobrevivir o no a las maquinaciones de sus estudiantes de último año y a la inminente batalla con los Novas…