En el año 2027, un año después del final de la Cuarta Guerra Mundial no nuclear, una bomba explotó en Newport City, matando a un importante traficante de armas que puede tener vínculos con la misteriosa Organización 501. El funcionario de Seguridad Pública Daisuke Aramaki contrata al extraordinario hacker y usuario de prótesis cibernéticas de cuerpo completo, Motoko Kusanagi, para investigar.